La mayoría de los científicos se muestran reacios a admitir o niegan la existencia de fenómenos paranormales: según ellos, estos presuntos fenómenos no son observables de una forma sistemática y repetible, con lo que es imposible aplicarles el método científico. Las críticas principales han sido consignadas en el apartado de metodología: sesgo del observador, ausencia de repetibilidad y falsibilidad, recolección de datos poco sistemática, evidencia anecdótica, diversas falacias lógicas, subjetivismo. A esto se añade el principio elemental popularizado por el astrónomo Carl Sagan, en el sentido de que "afirmaciones extraordinarias requieren evidencia extraordinaria". Es decir, una afirmación que se sale de lo común, como por definición es cualquier afirmación sobre un fenómeno paranormal, no puede ser admitida a menos que la prueba en favor de dicha afirmación sea abrumadora.
La posición de la comunidad científica establecida queda reflejada en el siguiente texto, cuyo autor es Martin Gardner: "¿En qué se equivocan, en mi opinión, los parapsicólogos? No hay una respuesta única a esto. Creo que en la mayoría de los casos sus resultados son fruto de un sesgo no intencionado en el diseño de los experimentos y en el análisis de los datos en bruto. (...) En resumen, a mi modo de ver hay tres fuentes principales de error en los experimentos psi clásicos: la propensión inconsciente del experimentador, el fraude deliberado por parte de los sujetos, y un fraude poco frecuente por parte de los investigadores. (...) No puedo decir que las fuerzas psi no existan. Sólo digo que la evidencia que tenemos de ellas es débil. Las declaraciones extraordinarias reclaman una evidencia mucho más extraordinaria que la que los parapsicólogos han sido capaces de reunir. Cuando los experimentos puedan ser repetidos fiablemente, cuando sea evidente que los controles guardan una proporción razonable con la magnitud de las pretensiones, y cuando magos sabios participen en el diseño de esos experimentos y sean testigos de los mismos, entonces no dudaré en cambiar de parecer."
Aunque las objeciones expuestas por Gardner pueden merecer réplica por parte de los parapsicólogos, está justificada la exigencia de máximo rigor en los diseños teóricos y experimentales que se refieren a supuestos que, como es el caso de los fenómenos llamados "psi", de ser admitidos por la ciencia positiva establecida podrían obligar a la misma a graves rectificaciones. Por otro lado, no debiera olvidarse que importantes páginas de la historia de las ciencias son ejemplos de lamentable resistencia desacertada a tales revisiones y que los fraudes no han quedado fuera de dicha historia. La apertura a replanteamientos, incluso atrevidos, es tan propia del espíritu científico como la necesidad de fundamentar éstos debidamente.
Según los escépticos, cabe la posibilidad de considerar los presuntos fenómenos parapsicológicos dentro de la psicología individual y social, no como fenómenos reales, sino en estudios sobre el desarrollo de creencias.
La psicología mayoritariamente no se adhiere a los postulados de la parapsicología, si bien en 1978 el catedrático de psiquiatría checo Stanislav Grof, radicado en EE. UU., funda la "Asociación Transpersonal Internacional", impulsando el estudio y la investigación de los estados modificados de la conciencia. Su aporte a la Parapsicología ha sido básicamente el concebir la conciencia humana, no sólo como un mero producto de nuestro cerebro, sino como algo que puede existir de un modo transmaterial y que trascendería por tanto los límites del tiempo y del espacio. Los fenómenos paranormales y los místicos tendrían cabida como objeto de estudio en este nuevo modelo de la psique humana que ha desafiado los postulados establecidos por la ciencia convencional.
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